《科学通史》课程有四个目标：第一，勾勒科学发展的全景历史，形成一种较为连贯明晰的科学形象。第二，培养对科学整体的感觉，从今日分科之具体学科走向一种整体的科学概论，从而理解某一学科在科学整体发展中扮演的角色。第三，在科学与人文之间架设桥梁，弥补文理分科之积弊，形成综合而宏阔的知识视野。第四，加强自主学习、深度阅读与讨论交流，改变过去老师课上讲，学生课下背的学习考试习惯。
科学史（History of Science），即科学的人文，它首先是对过去发生事情的“叙说”，每一种叙说背后都有其编史学意图，展现了编史纲领背后的现实关切。科学史叙说的对象是科学，科学定义可宽可窄，对象上可以指技术、自然志、数理科学等等，方法上亦可分地域、分时段治之。《科学通史》所讲之科学史，择科学之严格定义，取数理实验科学之历史为主线，从宽定义的科学史向窄定义的科学史收缩。追索窄定义的科学史对今日之中国尤为重要，理解科学史并不仅仅是去理解人类历史发展过程中的一个个标志和成就，而首先是要理解现代科学如何在西方文化传统中脱胎而出的。
课程以窄定义之科学史为主线勾勒连贯的纵向历史，同时以宽定义之科学史形成数条副线辅之。课程整体可分为三个部分：第一讲至第八讲是对窄定义之科学史的整体描画，讲述了科学从起源、衰落、复兴到鼎盛的整体发展过程，重在通史纵向之通。第九讲至十三讲则较为专题化，从自然志、科学建制、技术与工业、科学世界观等角度为主线提供必要的补充，解说了窄定义之科学史在推进过程中不可避免的诸多环节，重在通史面向之通。第十四讲则着重解说了两次西学东渐，展示的是西方科学文化对中国传统文化的扰动和冲击，从而揭示两种文化背后的根本性差异。
第一部分中，科学的起源包括希腊城邦文明对古典科学的精神起源和希腊自然哲学对古典科学的理性起源。古典科学在希腊化时代经历了鼎盛和衰落，在中世纪从阿拉伯崛起并重回故地，现代科学的两大文明来源——希腊与希伯来文明自此汇流，并在中世纪经院哲学激烈的辩论中最终走向融合。现代科学的鼎盛围绕科学革命展开，又分两条主线，一条是从哥白尼革命至牛顿革命的数学传统，一条是与数学传统相交织的实验传统。
第二部分中，先是激活了有着古老传承的自然志传统，并将它纳入科学革命的整体叙说中。再对科学活动的制度化与职业化过程进行了分析，是为现代科学发展的必要条件，也是现代科学与古典科学组织形式上的根本不同。再讲科学的技术化与工业化，分析了从求真科学到求力科学的发展图景，以及科学在两次工业革命中展现其效力的实际作用。最后则是科学对世界观的改变，一则是物理世界图景的变迁，一则是生命世界图景的变迁，此二者展现了对物质世界认识以及人类认识方式的根本改变。
第三部分中，对明末清初第一波西学东渐和晚清第二波西学东渐进行了解说和对比。第一波西学东渐失败告终，西方科学中明显先进的部分也未得到重视和吸收；第二波西学东渐身负救亡图存的历史使命，迫使中国人认真对待西方科学。这两波都不是由中国人主动选择和靠近的学习过程，恰是现代科学在中国的起源，深刻影响了20世纪及以后的中国科学发展道路。
《科学通史》是一门开设已逾二十年的老课程，主线内容多经打磨，是入门性的科学史课程；但课程也紧跟国际科学史界的最新研究成果，对所讲内容加以更新。希望这门课程能让有兴趣了解科学史的大众获得对科学的整体感受，思考科学对现代世界的影响；也能帮助有志于从事科学史研究的后辈学者在了解科学整体样貌的同时，对科学史研究的前沿了解一二。细节之处，可待自行发现。
