为帮助医学及相关专业研究生利用大量涌现的生物医学数据库及分析工具,于2017年在中国医科大学开设校内选修课——《生物医学数据库的利用》为,每年教授学生100人左右,面向的学生为校内的硕士和博士。课程除了介绍生物信息学数据库、健康数据库、药物数据库、临床数据库和高级文献数据库的基本情况外,通过已发表的具体案例,着重介绍数据检索和下载、算法与分析软件等具体应用技能。课程授课至今,深受校内学生欢迎和好评。多年来,许多学生利用课程中所学的文本挖掘技巧和工具进行科研选题和发表论文。
Overview
Syllabus
- 第1章 概述
- 第2章 基因表达数据库及分析工具
- 第1节 GEO数据库简介
- 第2节 数据预处理基本流程
- 第3节 在线分析工具GEO2R
- 第4节 差异表达基因的筛选与分析
- 第5节 基因富集分析原理
- 第6节 基因富集分析方法
- 第7节 富集分析工具DAVID
- 第8节 富集结果可视化
- 第9节 TCGA数据库及其分析工具GEPIA
- 第3章 网络医学与分析工具
- 第1节 网络概述
- 第2节 复杂网络分析指标
- 第3节 网络分析工具:Cytoscape
- 第4章 健康数据库及分析工具
- 第1节 案例导引
- 第2节 健康医疗开放数据
- 第3节 SEER数据库
- 第5章 疾病数据库及分析工具
- 第1节 案例引导
- 第2节 疾病库及OMIM数据库
- 第3节 综合疾病库MalaCards
- 第4节 疾病分析工具DisGeNET
- 第5节 疾病知识库Open Targets
- 第6章 药物数据库及分析工具
- 第1节 案例引导
- 第2节 DrugBank数据库
- 第3节 DGldb
- 第4节 TCM数据库
- 第5节 在线Venn图工具
- 第7章 文献数据库及分析工具
- 第1节 文献数据库概述
- 第2节 文献分析工具的类型
- 第3节 常用文献数据库及分析工具
- 第4节 本地PubMed
- 第5节 PubTator Central
- 第6节 PolySearch
- 第7节 BITOLA
- 期末考试
Taught by
Cui Lei, Hou Yuefang, Zhang Han, Yan Lei, Wang Xiaoning, and Li Fan