自1958年内蒙古医学院招收蒙医专业以来，《蒙医基础理论》课程已成为蒙医药专业的专业基础课程。是研究蒙医学基本概念、基本理论、基本方法的基础学科，是蒙医诊断、蒙药方剂及蒙医临床各学科的理论基础。本课程主要包括生理和病理学两大部分：生理学部分包括三根七素学说、脏腑学说、脉管、体质学说等，病理学部分包括病因、病缘、病机、六基症理论等内容。其中“三根”理论是蒙医基础理论的精髓和特征部分。因此学生必须掌握蒙医学理论的五源、五行，三根七素、体质、五脏六腑五官与三根间的联系、脉管、感官、病因、病缘、病变过程、寒热理论及脏腑病变特征等基本概念、内容。并且从整体观角度了解正常人体的生理活动规律及疾病发生发展的病理变化过程。
蒙医学基础理论体系是经过漫长的临床实践，以古代朴素唯物主义为基础，以整体观为指导研究人体生理和病变规律的基本理论。并在历史发展过程中，吸收了古印度及藏医学的部分理论和中医学知识，逐步形成了独特的民族医学理论体系。
蒙医学基础理论体系中以三根七素相互依赖的协调关系和相互损害的相克关系为主要研究对象，揭示人体生命运动和病理变化规律。因此“三根七素”理论是蒙医学理论体系中的核心理论。上世纪八十年代蒙医学家们根据蒙医学理论发展的自身特点，编写了第一部《蒙医基础理论》统编教材，本教材包含了三大部分内容：即为第一部哲学部分：阴阳学说、五源学说；第二部蒙医对正常人体的认识（生理部分）：胚胎理论、三根七素理论、脏腑理论、脉管、体质学说等；第三部蒙医对疾病的认识（病理部分）：病因、病缘、病机、病变过程、六基症、寒热理论、脏腑病变特征等内容。
蒙医基础理论课程是蒙药学与蒙医学临床多学科密切联系和相互渗透的基础学科。因此，必须掌握基础理论的基本概念、基本理论、基本方法。但对于《蒙医基础理论》中以古代朴素唯物主义为哲学基础的“三根七素”理论的抽象性，难免使学生感到枯燥乏味、难理解，从而缺乏主动性及积极性。这使成为了《蒙医基础理论》课程教学当中的难点及重点。
夯实立德树人根本任务，积极推动“互联网+”信息技术与教育教学深度融合，以培养医学生具备面向“疾病预防、诊断、治疗、康复理疗、健康养生”等知识能力素养为目标，以坚持“立德树人”根本任务，通过建设课程，除了建立蒙医基础理论试题库及实时更新试题库外在授课方面也在不断改革教学方法，尝试教学创新。与此同时立足于自身教学团队建设，加强教研活动和师资培训，提高教师知识储备、教学技巧、师德师风，做到教学效果好、授课不死板，能有效互动且能带动学生的积极性。力求突出基础知识、基本理论和思维能力的培养与训练，培养学生深度分析。为卓越拔尖人才培养提供有力支撑。
