《药物生物信息学》是一门综合应用生命科学、数学、计算机科学等多学科的理论和方法，对伴随基因组计划产生的海量生物信息进行整理和分析，然后应用于疾病诊疗、药物设计和开发，以达到药物合理设计、合理应用等目的交叉性学科。该学科是伴随生物信息学学科的建立和发展而快速发展的。随着人类基因组遗传密码的组成的破译，多种模式生物测序的完成，产生了海量的生物分子信息和相关原始资料，人类在生命科学领域尤其是核酸和蛋白质等生物大分子的序列、结构与功能等方面的数据和信息急剧膨胀，与此同时，以计算机技术和网络技术为代表的信息科学迅猛地发展，一门崭新的、拥有巨大发展潜力的新学科——生物信息学悄然兴起。生物信息学包含了生物信息的获取、处理、存储、分布、分析和解释等各个方面，被誉为“解读生命天书的慧眼 ”，其成果已被广泛应用于医学、药学等领域。而随着大数据、大健康、人工智能等的发展，生物信息学相关技术在药学及生命科学研究中也必将发挥越来越重要的作用。
本课程的主要内容包括：
第一章 生物信息学概述
第二章 数据库
第三章 序列比对
第四章 测序技术
第五章 基因组信息分析
第六章 蛋白质组信息分析
第七章 生物信息学与药学研究
第八章 软件介绍（计算机辅助药物设计相关）
教学目的旨在培养学生生物信息资源检索、收集、处理分析，以及将这些信息资源应用于药物研究开发中的理论和实践能力。课程将学习序列比对软件clustal、数据库搜索软件blast、分子系统发育树构建软件Mega、蛋白质同源模建软件swiss-model，蛋白质结构绘制软件pymol，分子对接软件以及计算机辅助药物设计软件MOE等的使用。
通过课程学习，学生可掌握生物大分子如蛋白质及核酸序列、结构、功能等信息的检索和获取方法；熟悉计算机辅助药物设计、虚拟药物筛选、计算机辅助疫苗设计的基本原理及其应用；熟悉蛋白质工程技术基本理论和方法，能使用相关软件对蛋白质结构和功能进行初步分析，进行蛋白质结构模拟和预测等，为从事药学或生物信息学研究奠定基础。
