O MBA em Gestão: Agronegócios é estruturado em uma sequência de 18 disciplinas. Entre estas, há 16 disciplinas on-line, incluindo as com temas gerais da Gestão Empresarial e as com temas específicos a agronegócios. Além dessas 16 disciplinas, o curso oferece as disciplinas de abertura e de encerramento, que são estruturadas sob a forma de jogos interdisciplinares, por meio dos quais se tem a oportunidade de interagir e aprender junto com alunos de MBAs de outras áreas de conhecimento da FGV. São competências a serem desenvolvidas ao longo do curso: utilizar ferramentas empresariais para gestão do agronegócio; elaborar planos estratégicos; avaliar a execução de planos estratégicos; empregar informações do próprio negócio e do mercado na tomada de decisão gerencial; interpretar como as variáveis econômicas influenciam os mercados agropecuários; identificar oportunidades de negócio a partir do entendimento da dinâmica dos mercados internacionais, da influência da pauta ambiental e da utilidade de tecnologias digitais voltadas ao agronegócio; avaliar a viabilidade econômica de projetos no agronegócio a fim de selecionar aqueles com maior potencial de remunerar o investimento.